CIA được thành lập vào ngày 26 tháng 7 năm 1947 theo Đạo luật An ninh Quốc gia năm 1947 do Quốc hội thông qua và Tổng thống Hoa Kỳ Harry S. Truman ký ban hành, có tiền thân là Cơ quan Tình báo chiến lược (OSS) thời kỳ Chiến tranh thế giới thứ hai.[11] Vụ tấn công của đế quốc Nhật Bản trong trận Trân Châu Cảng cũng là một trong những yếu tố ảnh hưởng đến quyết định thành lập CIA. Sau khi chiến tranh thế giới II kết thúc, chính phủ Hoa Kỳ cũng cảm thấy sự cần thiết của một cơ quan đủ khả năng để phối hợp sức mạnh của các cơ quan tình báo và quân đội.

Kế thừa di sản của OSS

Chiến thắng của lực lượng biệt kích hải quân Anh trong chiến tranh thế giới thứ II đã khiến cho tổng thống Franklin D. Roosevelt nghĩ đến việc thành lập một cơ quan tình báo theo mô hình của cơ quan tình báo hải ngoại Anh MI6. Việc này dẫn đến việc thành lập tổ chức OSS. Tổ chức OSS đã giải tán vào tháng 11 năm 1945 và các hoạt động được chuyển giao cho Bộ Ngoại giao và Bộ Chiến tranh. Do sự cần thiết của một hệ thống tình báo tập trung sau chiến tranh nên 11 tháng trước đó, vào năm 1944, William J. Donovan, người khai sinh OSS, đã đệ trình lên Tổng thống Franklin D. Roosevelt một bản kế hoạch thành lập một tổ chức tình báo chịu sự giám sát trực tiếp của Tổng thống.[11]

Mặc dù gặp phải sự phản đối từ phía Bộ ngoại giao và Cục Điều tra Liên bang[12] nhưng Tổng thống Truman vẫn quyết định thành lập Khối Tình Báo Trung ương vào tháng 1 năm 1946. Sau đó theo Đạo Luật An Ninh Quốc gia năm 1947 (có hiệu lực từ ngày 18 tháng 9 năm 1947), Hội đồng An Ninh Quốc gia và Cơ quan Tình Báo Trung ương chính thức ra đời. Thiếu tướng hải quân Roscoe H. Hillenkoetter là người đầu tiên được bổ nhiệm vào chức Giám đốc Tình Báo Trung ương.

Đạo luật về an ninh quốc gia

Năm 1949, điều lệ 81-110 được thông qua, cho phép cơ quan này được quyền sử dụng các thủ tục về mật vụ, tài chính và hành chính và được miễn khỏi hầu hết những hạn chế trong việc sử dụng ngân quỹ liên bang. Sắc lệnh này cũng cho phép CIA không cần công bố các thông tin về tổ chức, nhiệm vụ, văn tự, tiền lương, số lượng nhân viên. Sắc lệnh này cũng bao gồm cả chương trình "PL-110" để lợi dụng những kẻ đào ngũ và một số cá nhân nước ngoài, đồng thời cung cấp tài chính họ. Năm 1949, cơ quan tình báo của Tây Đức Bundesnachrichtendienst dưới quyền lãnh đạo của Reinhard Gehlen, đã nằm trong sự điều khiển của CIA.

Năm 1950, CIA thành lập Tập đoàn Pacific, một trong những tổ chức kinh doanh đầu tiên của CIA. Cũng trong thời gian đó, Giám đốc Hillenkoetter lần đầu tiên phê chuẩn chương trình điều khiển nhận thức (mind control) mang tên Dự án BLUEBIRD. Năm 1951, hệ thống truyền thanh Columbia (CBS) bắt tay hợp tác cùng CIA. Sau đó, Tổng thống Truman quyết định đổi tên Dự án BLUEBIRD thành Dự án ARTICHOKE.

Trong những năm đầu mới đi vào hoạt động, CIA không chịu nhiều sự điều khiển từ các cơ quan khác của chính phủ. Tuy nhiên mọi chuyện đã thay đổi vào khoảng những năm 70, thời điểm xảy ra biến cố chính trị Watergate.

Chiến tranh Triều Tiên

Vào thời gian đầu Chiến tranh Triều Tiên, nhân viên CIA Hans Tofte tuyên bố rằng đã huấn luyện thành công hàng ngàn người trốn chạy từ Triều Tiên thành một lực lượng du kích với các kĩ năng xâm nhập, chiến tranh du kích, và cứu trợ các phi công.[13] Năm 1952, CIA đã tung 1,500 điệp viên trong số này ra hoạt động.

Đảo chính Iran 1953

Đảo chính Guatemala 1954

Syria

Năm 1949, đại tá Adib Shishakli lên nắm quyền ở Syria trong một cuộc đảo chính được Syria hậu thuẫn. 4 năm sau, ông bị đảo chính bởi quân đội, các lực lượng Cộng sản và những người Ba'ath. CIA và MI6 bắt đầu tài trợ cho phe hữu thuộc quân đội nhưng việc này lại gặp khó khăn do hậu quả của vụ khủng hoảng kênh đào Suez. Một số quan chức, sĩ quan của Syria đã xuất hiện trên truyền hình và thừa nhận rằng họ đã nhận "những đồng tiền dơ bẩn và độc ác của Mỹ" để lật đổ chính quyền hợp hiến ở Syria. Sau đó các lực lượng quân đội của Syria đã bao vậy đại sứ quán Mỹ và muốn bắt một điệp viên CIA Rocky Stone, người trước đó đóng một vai trò nhỏ trong cuộc cách mạng ở Iran và hiện tại đang làm nhân viên ngoại giao ở Damascus.[14] Stone trở thành nhân viên ngoại giao người Mỹ đầu tiên bị trục xuất khỏi một nước Arab. Việc này cũng đã làm bình thường hóa quan hệ ngoại giao giữa Syria và Ai Cập, giúp hình thành Cộng hòa Ả Rập Thống nhất[15] và việc này bị cho là đã làm mất quyền lợi kinh tế của Mỹ trong thời điểm này.[14]

Indonesia

Congo

Sự kiện Vịnh Con Lợn

Những hoạt động giai đoạn đầu chiến tranh lạnh 1953-1966

Việt Nam và chiến tranh Đông Dương

Trong thời chiến tranh và cả hậu chiến, CIA đã hoạt động mạnh ở Việt Nam. Trong chiến tranh Đông Dương, Mỹ coi Việt Nam là địa bàn quan trọng trong chiến lược chính trị của họ nên bắt đầu các hoạt động can thiệp. Đúng 20 ngày sau khi Hiệp định Genève về Đông Dương được ký kết, đô đốc Mỹ Sabin đến Hà Nội, họp với phái đoàn quân sự Mỹ tại đây. Năm 1955, phái đoàn quân sự này của Mỹ do Edward Lansdale chỉ huy, nhân viên cao cấp của CIA và đã làm cố vấn cho Pháp tại Việt Nam từ 1953, đã thực hiện các hoạt động tuyên truyền chiến tranh tâm lý để kêu gọi dân chúng miền Bắc di cư vào Nam.[16]

Trong chiến tranh Việt Nam, chiến dịch Phượng hoàng với sự hậu thuẫn của CIA, đã được triển khai nhằm tróc rễ các cơ sở bí mật nằm vùng của Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam.[17]

Aldrich Ames

Bài chi tiết: Aldrich Ames

Từ năm 1985–1986, gần như toàn bộ điệp viên CIA hoạt động ở Đông Âu đều bị lộ danh tính. Chi tiết về việc điều tra nguyên nhân đều không rõ ràng cũng như việc điều tra cũng không có kết quả khả quan và việc này cũng bị chỉ trích bởi dư luận. Vào tháng 6 năm 1987, tướng Florentino Aspillaga Lombard, người đứng đầu hệ thống tình báo của Cuba đã đào tẩu đến Vienna và đến đại sứ quán Mỹ ở đây. Ông tiết lộ rằng tất cả điệp viên nằm trong biên chế của CIA ở Cuba đều là những điệp viên "hai mang", tức là đều làm việc cho CIA nhưng vẫn trung thành với chính phủ Castro. CIA sau đó cũng điều tra được rằng các thông tin tình báo tối mật về Liên Xô đều dựa trên những tin tình báo sai dựa trên cung cấp của những chuyên gia phân tích của CIA.[18] Việc điều tra sau đó dẫn tới việc bắt giữ Aldrich Ames, một chuyên viên phân tích và phản gián của CIA nhưng làm gián điệp cho Liên Xô. Ngày 21 tháng 2 năm 1994, Ames bị FBI bắt giữ.[19] Ames bị kết án tù chung thân không ân xá.[20]

Sự sụp đổ của Liên bang Xô-Viết